Издательство основано в 1998 году как частное предприятие ООО «Издательство Нота Бене». Его единственным учредителем и управляющим на тот момент был Даниленко Василий Иванович. В дальнейшем, издательство было переименовано в ООО «НБ-Медиа», а с 2011 года его соучредителем становится сын – Даниленко Денис Васильевич.

Вначале издательство специализировалось на издании книг и выпускало с 2000-го года только один печатный журнал «Право и политика».

Примерно с 2004-го года издательство меняет стратегию бизнеса и начинает сокращать выпуск книг, наращивая одновременно производство и открытие новых научных журналов.

Хронология такова:
2000 – начал выходить журнал «Право и политика»;
2004 – открылись два журнала: «Налоги и налогообложение» и «Политика и общество»;
2005 – вышел в свет первый номер научно-популярного ежемесячного журнала «Исторический журнал», обложка которого в дальнейшем стала оформляться под торговой маркой «History Illustrated»;
2008 – открылись журналы: «Философия и культура», «Административное и муниципальное право», «Психология и психотехника»;
2009 – Стартовал журнал «Национальная безопасность/nota bene»;
С этого же времени ООО «НБ-Медиа» стало издателем и распространителем «Журнала зарубежного законодательства и сравнительного правоведения», выходившего в свет с 2005 года, под маркой другого издательства. Учредителем журнала является Институт законодательства и сравнительного правоведения при Правительстве Российской Федерации;
2010 – начал издаваться журнал «Международное право и международные организации», переименованный в дальнейшем в «Международное право и международные организации/International Law and International Organizations»;
2011 – открылись «Исторический журнал: научные исследования», «Культура и искусство», «Филология: научные исследования», «Педагогика и просвещение», «Полицейская деятельность»;
2012 – вышли первые номера печатных журналов «Международные отношения» и «Программные системы и вычислительные методы».
Этот же год ознаменовался открытием нового сайта www.e-notabene.ru и целой серии сетевых изданий, в полном объеме в открытом доступе представленных в Интернет:
«NB: Кибернетика и программирование»
«NB: Вопросы права и политики»
«NB: Проблемы общества и политики»
«NB: Педагогика и просвещение»
«NB: Философские исследования»
«NB: Психология и психотехника»
«NB: Культуры и искусства»
«NB: Национальная безопасность»
«NB: Исторические исследования»
«NB: Международное право»
«NB: Административное право и практика администрирования»
«NB: Филологические исследования»
«NB: Российское полицейское право»
«NB: Международные отношения»
«NB: Экономика, тренды и управление»;

2013 – все журналы представлены в App Store.

Открылись новые печатные журналы:
«Тренды и управление»,
«Урбанистика и рынок недвижимости» (сторонний учредитель),
«Финансовое право и управление», а также зарубежные издания на английском языке:
«PHILHARMONICA. International Music Journal» (печатное и сетевое издание) и
«SENTENTIA. European Journal of Humanities and Social Sciences» (печатное и сетевое издание), которые доступны полностью в открытом доступе.

В полном объеме в открытом доступе представлены в Интернет сетевые издания:
«NB: Финансовое право и управление»,
«Урбанистика»,
«PHILHARMONICA. International Music Journal»,
«SENTENTIA. European Journal of Humanities and Social Sciences»;

Под издательской торговой маркой NOTA BENE стали выходить журналы Московского государственного юридического университета (Академия) «Lex Russica (Закон русский)», издававшийся с 2004 года как ежеквартальный (стал ежемесячным) и «Актуальные проблемы российского права», издававшийся с 2007 года один раз в два месяца (стал ежемесячным).

2014 – Начался выпуск журнала «Союз криминалистов и криминологов» общественной региональной организации с одноименным названием.

В 2016 году Издательство начало выпуск еще 14 новых сетевых изданий:

"Арктика и антарктика"

"Биологические исследования"

"Вопросы здравоохранения"

"Геолог"

"Исследование космоса"

"Машиностроение"

"Продовольственные технологии"

"Ресурсы Мирового океана"

"Сельское хозяйство"

"Транспортный вестник"

"Химические процессы"

"Экологические исследования"

"Электроника и электротехника"

"Энергетический вестник"

С 1 января 2017 года начали выходить в свет в виде сетевых изданий:

"Административное и муниципальное право"

"Исторический журнал: научные исследования"

"Культура и искусство"

"Международное право и международные организации"

"Международные отношения"

"Налоги и налогообложение"

"Национальная безопасность / nota bene"

"Педагогика и просвещение"

"Политика и общество"

"Полицейская деятельность"

"Право и политика"

"Программные системы и вычислительные методы"

"Психология и психотехника"

"Тренды и управление"

"Филология: научные исследования"

"Философия и культура"

"Финансовое право и управление"